Osmanlije su se prvi put pojavili kod Đurđevca 14. studenog 1540. godine gdje ih je dočekao ban Petar Keglević i natjerao u bijeg. Iza njih diljem Slavonije i Podravine ostala je prazna i zapuštena zemlja, dio naroda je porobljen, a dio pobjegao u zapadnu Ugarsku. Ovakvome teškom stanju pridonio je i sam Keglević, koji je bespravno zauzeo đurđevečku utvrdu i prisvojio posjed, pa ga je novi ban Nikola Zrinski silom otjerao 1546. godine. Prilikom uzmicanja Keglević je, vjerojatno iz osvete, dao spaliti palisadnu ogradu naselja uz utvrdu. To je prvo spominjanje đurđevečkoga naselja. Moglo bi se reći da su to zapravo bili gospodarski objekti (staje, sjenici) posade u utvrdi. Jedan izvještaj od 8. listopada 1548. godine govori da je u razrušenoj đurđevačkoj utvrdi živjelo samo 36 siromašnih pribjega koji se bez vojnog osiguranja nisu usuđivali raditi u polju. Vojna komisija koja je 1549. godine pregledala utvrdu navodi u zapisniku da od utvrde do naselja vodi drveni most dugačak 326 koraka. Nadalje piše da su se u naselje sklonili siromašni ljudi. Tu je smještena konjušnica vojne posade i bunar. Dakle, naselje je služilo isključivo za smještaj konja, a prvi privremeni stanovnici bili su izbjeglice koji su ovdje našli privremeno utočište. Prema tome, može se reći da se đurđevečko naselje počelo formirati 1540-ih godina, odnosno dolaskom prve vojne granične posade koja je sa sobom zasigurno dovela i potrebne ljude (kuhar, mlinar, konjušar, kovač, i sl.). No, nije isključeno da su u spomenutom naselju boravili i prijašnji kmetovi. Izvještaj govori da je prvotno naselje bilo smješteno na najbližem povišenom zemljištu, a koje odgovara širem prostoru današnje župne crkve. Kako je otprilike izgledala utvrda s naseljem, prikazuje karta koju je nacrtao talijanski carski inženjer i kartograf Nicolo Angielini 1556. godine. Crtež jasno pokazuje da se naselje sastojalo od dva dijela. Pretpostavlja se da je drugi dio naselja bio smješten na brijegu u današnjoj Ulici Ljudevita Gaja. Da naselje još nije potpuno zaživjelo doznajemo iz jednog izvještaja iz 1578. godine u kojem doslovce piše: Zatim smo također pregledali tvrđavu i mjesto, te što od ruševnih zgrada postoji u njemu. S rastom broja vojnika u utvrdi povećavao se i broj naseljenika, a naselje se počelo intenzivnije širiti tek početkom 17. stoljeća.