Scanagatta završila je austrijsku vojnu akademiju u Wiener Neustadtu, doduše, ilegalno, pretvarajući se vješto u muškarca stežući prsa zavojem. Prema očevoj želji, akademiju je zapravo trebao pohađati njezin brat Giacomo, no on je bio slab i ženskast, pa je prihvatio sestrin prijedlog da se ona preobuče u mladića i prijavi pod imenom Francesco, a on da ode u samostansku školu. Ona je jako željela postati vojnik, pa je još kod kuće u Milanu stalno vježbala jačajući tijelo. Imala je sreću što nije boravila s ostalim akademcima, već je stanovala u gradu, pa je vješto prikrivala svoj identitet. Školu je završila s odličnim ocjenama 1797. godine, a u službu je stupila kao zastavnik – upravo kod Đurđevečke pukovnije. U vojsci je teško skrivala svoj spol. Kad joj je prijetila opasnost tražila je premještaj, pa je tako prošla ratni put od Poljske, Moravske, Češke, Galicije i Srbije, da bi završila u domovini, gdje je bila teško ranjena. U čin poručnika unaprijeđena je 1800. godine, a iduće godine se povukla iz vojske, najvjerojatnije zbog čestih upala prsiju. Car Franjo II. oprostio joj je prevaru, nakon što je saznao za njezin pravi identitet, te joj omogućio umirovljenje i zadržavanje čina. Ubrzo se udala za pukovnika Spinia, svojega školskog kolegu iz Beča, s kojim je imala četvero djece.