Spoznaje o povijesti Virja u srednjem vijeku i tijekom osmanskih prodora u ovaj dio Podravine nametnule su potrebu za provođenjem ozbiljnih arheoloških istraživanja u tome podravskom naselju. Zahvaljujući arheologu Robertu Čiminu i Muzeju grada Koprivnice od 2009. do 2012. godine organizirana su arheološka iskopavanja uz župnu crkvu svetog biskupa Martina u središtu Virja i provodi se analiza pronađenog materijala. Financijska sredstva za višegodišnja arheološka istraživanja u Virju osigurali su: Ministarstvo kulture RH, Koprivničko-križevačka županija, Općina Virje i obitelj Matvej iz Virja.

U travnju 2009. godine izvedena su probna arheološka iskopavanja kada su otvorene dvije sonde i pronađeni ostaci zidane građevine i mnoštvo grobova. Uslijedila je analiza ljudskog osteološkog materijala u laboratoriju Odsjeka za arheologiju HAZU u Zagrebu. Arheološka iskopavanja nastavljena su u travnju i svibnju sljedeće 2010. godine, a u kolovozu i rujnu izvedena je građevinska konzervacija uz pomoć sponzora i donacija te angažman nekoliko članova stručne ekipe i više pomoćnih radnika i volontera. Prve istraživačke kampanje rezultirale su pronalaskom ostataka crkve iz prve polovine 17. stoljeća i groblja koje se prostiralo sjeverno i istočno od te crkve. Tada je istraženo nekoliko grobnih ukopa. Zbog značajnih otkrića počelo je planiranje prezentacije pronađenih ostataka sakralnog objekta.

Od svibnja do srpnja 2011. godine trajala je treća sezona iskopavanja kada je istraživački interes usmjeren na groblje nakon čega je provedena analiza grobnih nalaza. Tijekom 2012.godine arheološka iskopavanja bila su u rujnu, a u listopadu i studenom pristupilo se prezentacijskim radovima na lokalitetu. To ujedno predstavlja posljednju fazu istraživanja ostataka kasnosrednjovjekovne crkve i nekoliko desetaka grobnih ukopa. U suradnji sa župom i općinskim vlastima iz Virja odlučeno je osteološki materijal trajno pohraniti na virovskom groblju svetog apostola Jakoba što je i učinjeno na blagdan toga sveca 25. srpnja 2013. godine kada je virovski župnik vlč. Ivica Bačani blagoslovio grob u kojem su pokopani posmrtni ostaci žitelja Virja iz davnih stoljeća.

Završetak iskopavanja omogućio je donošenje zaključaka o arhitekturi pronađene crkve, usustavljivanje osnovnih saznanja o istraženom groblju i pokušaj demografske rekonstrukcije Virja u kasnome srednjem i ranome novom vijeku. Izvršena je antropološka analiza osteološkog materijala, opisani su pokretni nalazi i izrađena je 3D vizualizacija crkve svetog Martina. Osnovni podaci o tijeku četverogodišnjih arheoloških istraživanja u Virju i njihovim rezultatima objavljeni su u 6. i 7. svesku zbornika Virje na razmeđu stoljeća (2012. i 2013.) godine, Podravskom zborniku i katalogu izložbe pod nazivom Ecclesia sancti Martini de Prodauiz koja je bila postavljena u Muzeju grada Koprivnice i Župnom dvoru u Virju krajem 2013. i početkom 2014. godine. O arheološkim istraživanjima redovito je izvještavano u lokalnim tiskanim medijima i drugim sredstvima obavještavanja na području Koprivničko-križevačke županije i šire, pa i na Hrvatskoj radioteleviziji.

Tekst je sastavljen na temelju podataka objavljenih u sljedećim radovima:

Čimin, Robert. „Nove spoznaje o virovskoj srednjovjekovnoj crkvi sv. Martina: četverogodišnja arheološka istraživanja (2009.-2012.)“. Virje na razmeđu stoljeća, zbornik 6 (ur. Dragutin Feletar i Dražen Podravec). Virje: Općina Virje, 2012.

Čimin, Robert. „Povijest arheologije u Podravini“. Podravski zbornik 40 (ur. Robert Čimin). Koprivnica: Muzej grada Koprivnice, 2014.

Čimin, Robert. „Prilog poznavanju populacije Virja na prijelazu iz kasnog srednjeg u novi vijek“. Virje na razmeđu stoljeća, zbornik 7 (ur. Dragutin Feletar i Dražen Podravec). Virje: Općina Virje, 2013.

Ecclesia sancti Martini de Prodauiz: četverogodišnja arheološka istraživanja kod crkve sv. Martina u Virju (2009.-2012.), Muzej grada Koprivnice i Župa sv. Martina biskupa Virje, 2013.-2014., autor kataloga Robert Čimin. Koprivnica: Muzej grada Koprivnice, 2013.