Na mjestu današnjeg Kloštra Podravskog u srednjem vijeku nalazio se franjevački samostan svetog Stjepana. Prema dostupnim podacima taj je samostan osnovan 1292. godine. Neki smatraju da su krajem 13. stoljeća franjevci došli u još stariji benediktinski samostan koji je bio napušten tijekom provala Mongola.

Franjevački samostan i crkva sv. Stjepana bili su dio vlastelinstva Grabrovnik (Gorbonok) kojim je upravljao lokalni velikaš. Oko samostana i crkve bilo je trgovište gdje su se održavali sajmovi, a franjevci su inače uglavnom obitavali u tako uređenim naseljima u kojima se trgovalo. Osim toga, franjevci su ondje imali svoje kmetove koji su plaćali poreze i čijim su se radom uzdržavali redovnici i svećenici. Franjevci su očito uživali zaštitu i naklonost gospodara Grabrovnika . Neki od njih bili su i pokopani u grobnicama ispod samostanske crkve, ali njihovi grobovi nisu sačuvani. Uz ovaj franjevački samostan vezan je i zanimljiv pravni običaj u kojem su se ljudi zaklinjali pred vratima samostana sv. Stjepana u Grabrovniku u svoju nedužnost pri optužbama za različita nedjela.

Samostan je kao i okolna naselja propao u 16. stoljeću. Vjerojatno je razoren već 1538. godine kada su Osmanlije upali u ove krajeve. Vjerojatno su franjevci koji su tada ondje živjeli pobjegli zajedno sa stanovništvom te nisu dočekali napade Osmanlija 1552. godine kada je ovaj dio Podravine potpuno opustošen.

Samostan je toliko obilježio ovo područje da je poslije obnove naselja na tome mjestu ono dobilo novo ime Klošter (njem. Kloster) umjesto izvornog imena Grabrovnik koje je potpuno palo u zaborav. Tome je vjerojatno pridonijela činjenica da je naselje obnovljeno na mjestu nekadašnjeg franjevačkog samostana (kloštra), a ne na mjestu utvrde Grabovnik te je u tome slučaju nekadašnji samostan postao središte obnovljenog naselja i tu je podignuta nova župna crkva. Ona je podignuta na zidanim ostacima stare crkve što znači da je očito do 18. stoljeća nešto ostalo od franjevačkog samostana i crkve.