Najstariji podatak o orguljama u Đurđevcu nalazimo u zapisniku kanonske vizitacije iz 1733. godine. Tada se spominje Josip Cvetković koji je u Đurđevcu obavljao službu učitelja, orguljaša i zvonara. Od tada su u đurđevečkim župnim crkvama orgulje stalni dio inventara, a orguljaši imaju važnu ulogu u razvoju glazbenog života i pjevanja u Đurđevcu.

Pošto nemamo podataka o izgledu i karakteristikama starih orgulja koje su se nalazile u starijim župnim crkvama u Đurđevcu, možemo pisati samo o današnjima. One su bile postavljene još u staroj baroknoj crkvi 1908. godine. Izradila ih je domaća tvrtka Heferer iz Zagreba. Imale su 16 registara, osam pedala i dvije klavijature. Juraj Dobnik, zagrebački orguljar, prije rušenja crkve 1928. godine orgulje je rastavio te ponovno sastavio u novoj crkvi. Župnik Stanislav Rajtar piše 1959. godine u župnoj spomenici da orgulje ne sviraju već 15 godina te im je potreban popravak. Bile su jako oštećene jer je 1944. godine granata uništila nekoliko svirala. Iste je godine tvrtka Heferer zamijenila sve oštećene dijelove te ugradila motor i ventilator za mijeh. Već dvije godine kasnije, na orguljama je bilo teško svirati jer su se često kvarile da bi krajem 1970-ih bile gotovo neupotrebljive.

No, zalaganjem domaćeg župnika Rajtara 1980. godine započela je obnova orgulja. Obnavljao ih je graditelj orgulja prebendar preč. Alojzije Čunčić. Tom je prilikom u Njemačkoj izrađen nov sviraonik, a orgulje su zadržale 16 registara. Domaći stolar Branko Holer izradio je veći dio novih dijelova za ormar orgulja. Kolaudacija orgulja izvršena je 7. prosinca 1980. godine. U Đurđevec je došao regens chori Zagrebačke katedrale dr. Miho Demović. Tom je prilikom govorio o povijesti orgulja i izvršio njihov pregled. Svetu misu slavio je pomoćni zagrebački biskup dr. Đuro Kokša u koncelebraciji s nekoliko svećenika. Tada su orgulje i blagoslovljene. Orgulje je 1990. godine temeljito očistio i naštimao orguljar Olivije Repec.